Kościół pod wezwaniem św. Leonarda według tradycji zbudowany został w 1141 roku na miejscu gontyny pogańskiej, której pozostałością ma być tzw. słup Światowida, na którym wspierał się ołtarz św. Leonarda. Obecny kościół zbudowany również na tym miejscu pochodzi z XV wieku i stanowi cenny zabytek architektury drewnianej. Kościół należy do najstarszych i najlepiej dotąd zachowanych gotyckich świątyń drewnianych. tym cenniejszy iż do naszych czasów przetrwał w stanie nieomal niezmienionym.

Wnętrze przechowuje wyjątkowo cenne zabytki dawnego malarstwa, rzeźby i rzemiosła artystycznego. Ściany i strop pokrywają malowidła z różnych okresów, począwszy od gotyckich jeszcze, patronowych motywów na stropie, aż po barokowe cykle przedstawieniowe z 1711roku. Wystroju malarskiego i dydaktyki tej dekoracji dopełniają pełne ekspresji ludowej unikalne malowidła ilustrujące Dekalog, zdobiące parapet chóru muzycznego. Wielką wartość artystyczną zwłaszcza w kontekście całości wnętrza, posiadały znajdujące się tu do niedawna trzy ołtarze tryptykowe, dzieła małopolskiego cechowego malarstwa tablicowego, wielokrotnie wzmiankowane i omawiane w literaturze fachowej.

Ołtarz główny dedykowany patronowi kościoła św. Leonardowi powstał w warsztacie krakowskim w początku XVI wieku. Wcześniejszy jest ołtarz boczny ze sceną Adoracji Dzieciątka Jezus w polu środkowym, jeszcze ze schyłku XV wieku. Interesujący jest również trzeci tryptyk, dedykowany św. Mikołajowi z około 1530 roku. Do średniowiecznych zabytków zalicza się jeszcze płaskorzeźba zaśnięcia Najświętszej Panny Marii z końca XIV wieku.

Po włamaniu do kościoła i kradzieży tryptyków jakie miało miejsce z 4 na 5 lipca 1992 roku, odzyskane tryptyki znajdują się obecnie w Muzeum Diecezjalnym w Tarnowie.

Powódź, która wystąpiła w 1997 roku w wielu rejonach Polski, nie ominęła również Lipnicy. W dniu 9 lipca nastąpił nagły przybór wody w potoku Uszwica. W Lipnicy rzeczka wystąpiła z koryta i gwałtowną falą, łącząc się z potokiem opływającym Lipnicę od północy, uderzyła w kościół od strony zachodniej z wielką siłą. Runęła bramka i słupy wspierające od tej strony zadaszenie sobót. Woda naruszyła fundamenty budowli, wyrywając z podwalin kamienie. fala zalała wnętrze kościoła wywołując wiele szkód: nanosząc szlam i potęgując zawilgocenie ścian, a zarazem malowideł. Wewnątrz zniszczony został nagrobek i piwniczka rodziców bł. Ledóchowskich.

Zabytkowy kościół św. Leonarda został wpisany 5 lipca 2003 r. na listę światowego dziedzictwa kulturowego i naturalnego UNESCO jako perła średniowiecznej architektury drewnianej